同时多铎虽然没有勇气放商家军放进城里来打巷战，但对南京的防守也布下了三道防线，第一道是在南京的城墙外，依托城外的山河湖泊布置，主要集中在二湖二山一坛，二湖是指莫愁湖和玄武湖、二山是指神烈山和聚宝山，一坛是指东南角的天坛。
多铎下令，由郝效忠守聚宝山；李思忠守莫愁湖、佟岱守神烈山、土国宝守玄武湖、夏成德守天坛、在这五处驻点都派驻了一万人马，另有五千民兵驻守，不过人马中只有满汉军各一千五百人，其余全是降军，当秸其中包括有三十门火炮，一千支火铳等武器。并且修筑了大量的防御工事。
第二道防线就是南京的城墙，这也是多铎寄于了厚望的一道防线。
而第三道防线是在南京城内的皇宫，同时也在南京城内的各条河流边，主要的街道也都修筑防线，准备等商家军攻入南京城里之后，一面守卫皇城，一面和商家军进行巷城。这一点多铎到是参考了不少在十个月以前，商家军守南京时的做法。
多铎的且地是首先利用降军和民兵在城外消耗商家军的兵力，并且拖延时间，而将最精锐的满汉旗主力军留在城内驻守，争取坚持到援军赶来。按多铎的预计，如果有援军的话，在一个月左右的时间，应该是能够赶到南京来的，因此多铎分派的计划是每一道防线都要守住十天，加起来也就是一个月。要是一个月之后还不见援军，那就只好殉城而亡了，反正到了这一步，多铎也做好了最坏的打算。
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由于这时南京城里实行了军管，一度恢复了几分往日繁华的秦淮河也再度冷清起来，开张了几个月的酒楼妓院也全都关了门，伙计都被编入军队，准备参加战斗，而妓女们也都全被监管起来，付责后勤事务，当然年轻貌美的都被有头有脸的将领拉回去暖床。
虽然紫明楼有墨经纬和紫玲珑罩着，到是逃过了被清军征调的命运，不过这个时候显然已经无法再继续营业下去了，因此也关张停业了。除了摩门的弟子以外，其他人也都被遣散回家。好在是楼里到是积攒了不少食物和酒，还能够保证几个月的生话。
这时墨经纬和紫玲珑坐在楼，看着己经空无一舟的秦淮河，也不禁生出了颇多的感慨来。墨经纬苦笑了一声，道：“想不到只用了不到一年的时间，商毅竟然就能够把南京又夺回去，而且居然能够想出从海突袭辽东、京津之地的方法来调动清军，实在是…实在是……”
紫玲珑到是少有的没有和墨经纬抬扛，道：“也许从他撤出南京的那一刻起，就己经布置好了今天的一切，这十个月以来不过是一步一步的实现而己。”顿了一顿，又道：“你认为会有援军来吗？”
墨经纬苦笑了一声，道：“虽然我很想说会有援军，但这种可能性并不大，尚可喜早就和清廷产生了嫌隙，而且他现在己经占领了广东之地，绝不会轻易放弃，没有了尚可喜，金声桓和觉罗巴哈纳最多也不过五六万人马，想来救援南京，根本就不可能。要知道商毅最善于打围占打援的战斗。”顿了一顿，他又道：“何况援军赶来，大约需要一个月左右的时间，我看多铎绝对坚持不了这么长的时间。”