11600年，机械生命体开始脱离外星人控制，外星人灭亡。
11940年，人造人为提高战意，掩盖自己已失去的被制作出唯一目的——守护人类，便开启了利用机械生命体为核心制作新一代人造人的尤尔哈计划：制造尤尔哈部队，并以月球的服务器伪造出人类仍在活着的假象，当尤尔哈部队收集到了足够人造人使用的数据后，便放出信息让机械生命体直接摧毁基地，掩盖计划。
11942年（李诺与茶白相见年份），具备极高智能的9S型尤尔哈人造人制作完成并投入实战，但由于担忧其过高的智能读取到尤尔哈计划的真貌，设置E型人造人2E伪装成2B进行全程监控，若发现有异常现象直接进行斩杀并清除记忆处理（尼尔篇没登场的9S因为接触到《最终幻想》中的人类打开了该型号人造人特殊的探索欲，被当时的茶白也就是2E斩杀）。
11945年，游戏本篇开始，2B再次被派往地球执行任务，并与9S同行。
同时，email通知基地的数据库已经饱满，暗示毁灭尤尔哈掩盖真相的计划即将执行。
机械生命体的【逻辑病毒】因基地的手动泄露而开始传染扩散，2B在地球上最终也被病毒传染，最后死于A2手中。
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【逻辑病毒】为机械生命体所带。
通过官方小说补充来看，可以看做是一种网络病毒，其凶险程度媲美多年前的“熊猫烧香”。
新型人造人，也就是尤尔哈部队的人造人是用机械生命体核心制作，与机械生命体共用一种网络端口，所以也会感染【逻辑病毒】。
该病毒随着网络启动攻破防火墙，感染核心，促使人造人原本一片空白的骇客空间都被染成黑色。
逻辑病毒会夺走记忆领域和思考回路，夺走人造人的意识和义体控制权。
放任不管的话，就会不停破坏周围，连自己人都会攻击。